RNA id: TCONS_00002830


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002830
length 701
lncRNA type intronic
GC content 0.30
exon number 1
gene id XLOC_000288
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 24118367 ~ 24119067 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ccagcatcgagatggcaaaccacctttttccagtggagcacgaTGGCCTCAGATTTGGAGGTGCTGAGTCTCATCCCAGCATGCCactaacatgcattttattatatgagCAACAGGCTCAtataattaggttcagaagtttcatttaatAGATAATGACAGTGCTATTAGCTAGgacataaaataacttttttttttttttcccaaaaatgtcactttagacaattatttgtttttttaacaaggtagatatactaaatatacaaaaaacaactaaatatacTAAATCCTCCAGTGCTtcttttgcaaaaacctctaaatacaCCTATTGGAACAAGACAGTGTGATTAGCTGAAAAaccactaaagatgcaattagaaattattttaccaaacataaaacacattacacaaaccacctaaaattaaaaatacataaatctgcCAAGTAAGTAGtgattcattctgttgtggtaatCCTTGATAAACCAGCAACaaagcagaaagaaaatgaatgaatgaaatttgtcaagtaaatgcattaagcaacaacataaaataaaaagacattaattaaatgttaacaTTCTGTTGCCATTTCTTATATttaggatttagatttaatgtaagtagaataatgtaaacattgcaaacattgtaaactaagcttgttaGATTCCAATAATGTAgtttaaaaacatt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000466 lncRNA upstream 611849 23489111 ~ 23506518 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000468 lncRNA upstream 611849 23505666 ~ 23506518 (+) True XLOC_000281
TCONS_00000462 lncRNA upstream 738157 23379008 ~ 23380210 (+) True XLOC_000278
TCONS_00003067 lncRNA upstream 1599613 22510734 ~ 22518754 (+) False XLOC_000269
TCONS_00003068 lncRNA upstream 1599613 22511061 ~ 22518754 (+) True XLOC_000269
TCONS_00003069 lncRNA downstream 7313 24126380 ~ 24144170 (+) True XLOC_000289
TCONS_00003070 lncRNA downstream 217913 24336980 ~ 24337792 (+) False XLOC_000290
TCONS_00000481 lncRNA downstream 217995 24337062 ~ 24343734 (+) False XLOC_000290
TCONS_00000482 lncRNA downstream 219325 24338392 ~ 24343190 (+) True XLOC_000290
TCONS_00000484 lncRNA downstream 236456 24355523 ~ 24357961 (+) False XLOC_000291
TCONS_00000479 mRNA upstream 40268 24076243 ~ 24078099 (+) True XLOC_000286
TCONS_00000477 mRNA upstream 205579 23784905 ~ 23912788 (+) False XLOC_000284
TCONS_00000476 mRNA upstream 205579 23784905 ~ 23912788 (+) False XLOC_000284
TCONS_00000475 mRNA upstream 205579 23784905 ~ 23912788 (+) False XLOC_000284
TCONS_00000474 mRNA upstream 205579 23784905 ~ 23912788 (+) True XLOC_000284
TCONS_00000483 mRNA downstream 236448 24355515 ~ 24359653 (+) False XLOC_000291
TCONS_00000486 mRNA downstream 246515 24365582 ~ 24367412 (+) False XLOC_000293
TCONS_00000487 mRNA downstream 247043 24366110 ~ 24367056 (+) True XLOC_000293
TCONS_00000488 mRNA downstream 257327 24376394 ~ 24380533 (+) True XLOC_000294
TCONS_00000489 mRNA downstream 263584 24382651 ~ 24385979 (+) False XLOC_000295
TCONS_00000480 other upstream 3809 24114525 ~ 24114558 (+) True XLOC_000287
TCONS_00000478 other upstream 251402 23866878 ~ 23866965 (+) True XLOC_000285
TCONS_00000472 other upstream 367154 23751099 ~ 23751213 (+) True XLOC_000283
TCONS_00000467 other upstream 613264 23504334 ~ 23505103 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000457 other upstream 838665 23274922 ~ 23279702 (+) True XLOC_000276
TCONS_00000490 other downstream 263900 24382967 ~ 24384697 (+) True XLOC_000295
TCONS_00000495 other downstream 1001022 25120089 ~ 25120205 (+) True XLOC_000301
TCONS_00000518 other downstream 1992318 26111385 ~ 26119624 (+) True XLOC_000317
TCONS_00000557 other downstream 3594282 27713349 ~ 27730980 (+) False XLOC_000329
TCONS_00000565 other downstream 3858303 27977370 ~ 28001937 (+) False XLOC_000332

Expression Profile

//