RNA id: TCONS_00000482


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000482
length 454
lncRNA type retained_intron
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_000290
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 24336980 ~ 24343734 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TATTAtagttatttaagtatttattttaattttgaaaaattataTTGTATGGCTTTATCACGTCTTGCATAATTTTATCATGGCCCTTTCTACACCAAGCCtttcaaaacaaatgataaatcACAGAATTAATCTCCAGAATAATTCCTAAATAATACTTTAATCAACCAATTTATTAAAGGTTCAGATGATACTTTGGGCCAGTGGATAAAACAATGGATGATCAGCATGGATGGCAGAGTAATCTGTGAGGGTGAGCATGCACACTGGAATTCCTTCAAAGatGCTTTGCTGGCATAAATCCAGAGAGGGGAACCAAGGCTGTGAGAGGAAATGTGATGTCAAAAAAAACTGGCAAGACAGTTCAGAAGAAGACCATGACTGAAAACCCCAAGGTTTCAAACCTTTTAAAGACACTAATGGACTTTGAATGGgactttatttaaaatgcagc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000139364

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003070 lncRNA upstream 600 24336980 ~ 24337792 (+) False XLOC_000290
TCONS_00003069 lncRNA upstream 194222 24126380 ~ 24144170 (+) True XLOC_000289
TCONS_00002830 lncRNA upstream 219325 24118367 ~ 24119067 (+) True XLOC_000288
TCONS_00000466 lncRNA upstream 831874 23489111 ~ 23506518 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000468 lncRNA upstream 831874 23505666 ~ 23506518 (+) True XLOC_000281
TCONS_00000484 lncRNA downstream 12333 24355523 ~ 24357961 (+) False XLOC_000291
TCONS_00000485 lncRNA downstream 12352 24355542 ~ 24356872 (+) True XLOC_000291
TCONS_00002831 lncRNA downstream 18803 24361993 ~ 24363690 (+) True XLOC_000292
TCONS_00003071 lncRNA downstream 119270 24462460 ~ 24463305 (+) True XLOC_000297
TCONS_00002833 lncRNA downstream 253136 24596326 ~ 24599988 (+) False XLOC_000300
TCONS_00000479 mRNA upstream 260293 24076243 ~ 24078099 (+) True XLOC_000286
TCONS_00000477 mRNA upstream 425604 23784905 ~ 23912788 (+) False XLOC_000284
TCONS_00000483 mRNA downstream 12325 24355515 ~ 24359653 (+) False XLOC_000291
TCONS_00000486 mRNA downstream 22392 24365582 ~ 24367412 (+) False XLOC_000293
TCONS_00000487 mRNA downstream 22920 24366110 ~ 24367056 (+) True XLOC_000293
TCONS_00000488 mRNA downstream 33204 24376394 ~ 24380533 (+) True XLOC_000294
TCONS_00000489 mRNA downstream 39461 24382651 ~ 24385979 (+) False XLOC_000295
TCONS_00000480 other upstream 223834 24114525 ~ 24114558 (+) True XLOC_000287
TCONS_00000478 other upstream 471427 23866878 ~ 23866965 (+) True XLOC_000285
TCONS_00000472 other upstream 587179 23751099 ~ 23751213 (+) True XLOC_000283
TCONS_00000467 other upstream 833289 23504334 ~ 23505103 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000457 other upstream 1058690 23274922 ~ 23279702 (+) True XLOC_000276
TCONS_00000490 other downstream 39777 24382967 ~ 24384697 (+) True XLOC_000295
TCONS_00000495 other downstream 776899 25120089 ~ 25120205 (+) True XLOC_000301
TCONS_00000518 other downstream 1768195 26111385 ~ 26119624 (+) True XLOC_000317
TCONS_00000557 other downstream 3370159 27713349 ~ 27730980 (+) False XLOC_000329
TCONS_00000565 other downstream 3634180 27977370 ~ 28001937 (+) False XLOC_000332