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| Dataset ID | Species | Tissue / Organ | Experiment type | Sample | Source dataset ID | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | GSE158142 (12hpf) | Danio rerio | head | baseline | 12hpf, 6 somites, untreatment | GEO: GSM4793185
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| 2. | GSE158142 (14hpf) | Danio rerio | head | baseline | 14hpf, 10 somites, untreatment | GEO: GSM4793187
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| 3. | GSE158142 (16hpf) | Danio rerio | head | baseline | 16hpf, 14 somites, untreatment | GEO: GSM4793189
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| 4. | GSE158142 (18hpf) | Danio rerio | head | baseline | 18hpf, 18 somites, untreatment | GEO: GSM4793191
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| 5. | GSE158142 (20hpf) | Danio rerio | head | baseline | 20hpf, 21-22 somites, untreatment | GEO: GSM4793193
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| 6. | GSE158142 (24hpf) | Danio rerio | head | baseline | 24hpf, untreatment | GEO: GSM4793196
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| 7. | GSE158142 (1.5dpf) | Danio rerio | head | baseline | 1.5dpf, untreatment | GEO: GSM4793199
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| 8. | GSE158142 (2dpf) | Danio rerio | head | baseline | 2dpf, untreatment | GEO: GSM4793201
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| 9. | GSE158142 (3dpf) | Danio rerio | head | baseline | 3dpf, untreatment | GEO: GSM4793207
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| 10. | GSE158142 (5dpf) | Danio rerio | brain, eye | baseline | 5dpf, untreatment | GEO: GSM4793216
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| 11. | GSE158142 (8dpf) | Danio rerio | brain, eye | baseline | 8dpf, untreatment | GEO: GSM4793234
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| 12. | GSE158142 (15dpf) | Danio rerio | brain, eye | baseline | 15dpf, untreatment | GEO: GSM4793238
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| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Hindbrain rhombomere | ENSDARG00000023031 (hoxa2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Hindbrain rhombomere | -- (cyp26c1.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Hindbrain rhombomere | ENSDARG00000101076 (irx3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | -- (eng2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000008796 (her5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000002707 (her11) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | -- (eng2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000062478 (ackr3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000006911 (wnt8b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000068213 (fzd10) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Midbrain | ENSDARG00000076571 (sp5a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Optic vesicle | ENSDARG00000040321 (rx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Optic vesicle | ENSDARG00000000588 (grasp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Optic vesicle | ENSDARG00000007941 (hmx4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Optic vesicle | ENSDARG00000056979 (lhx9) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Diencephalon | ENSDARG00000057936 (lhx5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Diencephalon | ENSDARG00000104107 (nkx2.4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Diencephalon | ENSDARG00000038867 (shhb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Placode | ENSDARG00000019516 (sp7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Placode | ENSDARG00000044356 (tp63) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Placode | ENSDARG00000004539 (ptgs2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Placode | ENSDARG00000111106 (arl3l1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000040815 (tsku) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000055398 (foxc1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000012060 (thbs3b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000056913 (pcolcea) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Heart primordium | ENSDARG00000037995 (gdf3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Heart primordium | ENSDARG00000055630 (foxh1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neural crest | ENSDARG00000062262 (ednrab) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neural crest | ENSDARG00000021032 (foxd3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000054616 (cldni) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000012016 (hpgd) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000088717 (ecrg4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000103590 (cyp2aa6) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000079964 (dlx2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000094752 (rpe65b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000045887 (mmp30) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Placode | -- (ptchd3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Placode | ENSDARG00000015879 (pax8) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Placode | ENSDARG00000019516 (sp7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Telencephalon | ENSDARG00000070769 (foxg1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Telencephalon | ENSDARG00000022531 (ntn1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Neuron | ENSDARG00000003469 (neurod4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Neuron | ENSDARG00000056175 (scrt2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Neuron | ENSDARG00000086327 (srrm4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Prechordal plate,polsterq | -- (ctslb.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Prechordal plate,polsterq | -- (he1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Notochord | ENSDARG00000078052 (emilin3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Notochord | ENSDARG00000076904 (loxl5b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Notochord | -- (hfe2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000006526 (fn1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000007277 (myf5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000028213 (ttn.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000000563 (ttn.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000035958 (tnni2b.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000030110 (myod1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Adaxial cells | ENSDARG00000099197 (actc1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000055046 (ponzr5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000055514 (icn2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000100185 (elovl7b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000103917 (znf185) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mid,hind progenitors (neural plate) | ENSDARG00000056729 (her4.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000040321 (rx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Optic stalk (ventral diencephalon) | ENSDARG00000008131 (sox1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Optic stalk (ventral diencephalon) | ENSDARG00000070677 (fezf2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Epidermal cells | ENSDARG00000012972 (cfl1l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Epidermal cells | ENSDARG00000033466 (tagln2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Epidermal cells | ENSDARG00000063295 (myh9a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Epidermal cells | ENSDARG00000052652 (fermt1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000012060 (thbs3b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000033971 (prrx1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Mesoderm | ENSDARG00000091481 (foxc1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Midbrain | ENSDARG00000008796 (her5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Midbrain | ENSDARG00000002707 (her11) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Epidermal cells | ENSDARG00000012972 (cfl1l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Epidermal cells | ENSDARG00000033466 (tagln2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Epidermal cells | ENSDARG00000052652 (fermt1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neural crest | -- (fam212aa) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neural crest | ENSDARG00000076010 (twist1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neural crest | ENSDARG00000043923 (sox9b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Neuron | ENSDARG00000004232 (dlb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Neuron | ENSDARG00000003469 (neurod4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Neuron | ENSDARG00000074030 (myt1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Neuron | ENSDARG00000086327 (srrm4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Somite (mesoderm) | ENSDARG00000017917 (her7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Somite (mesoderm) | ENSDARG00000056030 (hoxb7a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Somite (mesoderm) | ENSDARG00000056995 (snai1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Floor plate | ENSDARG00000054942 (lgals2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Floor plate | ENSDARG00000021462 (daw1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Placode | -- (he1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Placode | -- (ctslb.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Placode | ENSDARG00000036194 (pitx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Placode | ENSDARG00000039757 (mcfd2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Hindbrain rhombomere | ENSDARG00000038205 (her2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Hindbrain rhombomere | ENSDARG00000056732 (her4.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Hindbrain | ENSDARG00000025301 (gfap) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Diencephalon | ENSDARG00000008131 (sox1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Diencephalon | ENSDARG00000017107 (nr2e1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000040321 (rx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Placode | ENSDARG00000026473 (six1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Midbrain | -- (eng2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Neural crest | ENSDARG00000062262 (ednrab) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Neural crest | -- (fam212aa) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Mesoderm | ENSDARG00000061140 (colec12) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Mesoderm | ENSDARG00000091481 (foxc1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000014420 (elavl3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000004232 (dlb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000033655 (stmn1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000042525 (ebf2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000071026 (mllt11) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Pharyngeal endoderm | ENSDARG00000104495 (pltp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Pharyngeal endoderm | ENSDARG00000079305 (hbae3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Pharyngeal endoderm | ENSDARG00000052556 (fgfrl1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000035095 (tdgf1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000079578 (rbpms2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000033466 (tagln2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000116617 (spaca4l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000035018 (thy1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Placode | ENSDARG00000069888 (cldna) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Placode | ENSDARG00000056247 (bricd5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Placode | ENSDARG00000040306 (otomp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000060682 (agr1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000055514 (icn2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000100095 (anxa1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000096359 (eppk1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000043128 (cldne) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Periderm cells | ENSDARG00000012341 (capn9) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Prechordal plate,polster | ENSDARG00000086189 (mgp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Prechordal plate,polster | ENSDARG00000038792 (klf17) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Blood precursors | ENSDARG00000000767 (spi1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Blood precursors | ENSDARG00000114451 (mmp13a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Blood precursors | ENSDARG00000013539 (ikzf1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Blood precursors | ENSDARG00000033735 (ncf1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Floor plate | ENSDARG00000024492 (col9a2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Floor plate | ENSDARG00000067831 (tbata) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Floor plate | ENSDARG00000023694 (spon1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000030125 (sox7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000103533 (clec14a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000040080 (fli1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cycling progenitors | ENSDARG00000040041 (mcm4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Cycling progenitors | ENSDARG00000102798 (mcm2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Cycling progenitors | ENSDARG00000002403 (nusap1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Cycling progenitors | ENSDARG00000024488 (top2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Telencephalon | ENSDARG00000031222 (lhx2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Telencephalon | ENSDARG00000070769 (foxg1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Placode | ENSDARG00000026473 (six1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Placode | ENSDARG00000009544 (cldnb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Midbrain | -- (eng2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Midbrain | -- (eng2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000040321 (rx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | ENSDARG00000062262 (ednrab) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | -- (fam212aa) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | ENSDARG00000077467 (sox10) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Comitted progenitors | ENSDARG00000016725 (gadd45gb.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Comitted progenitors | ENSDARG00000007097 (her13) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Mesoderm | ENSDARG00000012060 (thbs3b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Mesoderm | ENSDARG00000033971 (prrx1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000045887 (mmp30) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000033466 (tagln2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000116617 (spaca4l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000103590 (cyp2aa6) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000102415 (scinla) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000011956 (dlx4a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000003395 (col4a3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000053868 (etv2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000095019 (lmo2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000030125 (sox7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000075549 (cdh5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000105215 (kdrl) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000040080 (fli1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000045639 (elavl4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000009553 (gng3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000099744 (gap43) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000018997 (cplx2l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000039522 (tubb2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000070537 (stmn2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Placode | ENSDARG00000069503 (cldnh) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000031483 (col9a1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000023694 (spon1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000038867 (shhb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000076904 (loxl5b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000021462 (daw1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000007024 (uox) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000101407 (tgm1l4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000076839 (ftr86) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000009196 (anxa3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000035178 (gna14) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000029290 (stx11b.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000019096 (myl7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000055618 (acta1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000052708 (tnni1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000042018 (fhl2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000041257 (smtnl1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | -- (vmhc) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | -- (nexn.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000011400 (tnnc1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000008433 (unc45b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000114451 (mmp13a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000000767 (spi1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000013539 (ikzf1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000033735 (ncf1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Progenitors | ENSDARG00000054155 (pcna) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Progenitors | ENSDARG00000024488 (top2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Progenitors | ENSDARG00000100741 (cdc20) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Epidermal cells | ENSDARG00000052652 (fermt1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Optic vesicle | ENSDARG00000029179 (foxd1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neural crest | ENSDARG00000062262 (ednrab) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000014420 (elavl3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000074030 (myt1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000102879 (myt1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Epidermal cells | ENSDARG00000056938 (kera) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Epidermal cells | ENSDARG00000004539 (ptgs2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Epidermal cells | -- (tnw) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Pectoral fin | ENSDARG00000038288 (cd151) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Pectoral fin | ENSDARG00000056913 (pcolcea) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Floor plate | ENSDARG00000038867 (shhb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Floor plate | ENSDARG00000031483 (col9a1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Floor plate | ENSDARG00000101919 (foxj1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Periderm cells | ENSDARG00000057437 (apodb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Periderm cells | ENSDARG00000029290 (stx11b.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Periderm cells | ENSDARG00000074749 (abca12) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Periderm cells | ENSDARG00000056239 (tmem45b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000039579 (cfd) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000045887 (mmp30) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000102178 (emilin2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000053868 (etv2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000103533 (clec14a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000075549 (cdh5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000004378 (yrk) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000077304 (erg) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neural crest | ENSDARG00000003732 (mitfa) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neural crest | ENSDARG00000045601 (cax1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neural crest | ENSDARG00000053269 (slc2a15b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Progenitors | ENSDARG00000053569 (sox3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neural crest | ENSDARG00000033971 (prrx1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neural crest | ENSDARG00000105223 (pmp22a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000012972 (cfl1l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000102879 (myt1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000071026 (mllt11) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000007982 (onecut1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000009553 (gng3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | ENSDARG00000056175 (scrt2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Neuron | -- (hmp19) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000003808 (aqp3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000076321 (col28a2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000088711 (lgals1l1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000116617 (spaca4l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000056938 (kera) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Epidermal cells | ENSDARG00000021720 (col7a1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Periderm cells | ENSDARG00000043128 (cldne) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Periderm cells | ENSDARG00000101043 (ppl) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Periderm cells | ENSDARG00000012341 (capn9) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000019566 (neurod1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Neuron | ENSDARG00000007788 (atp2b1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000045887 (mmp30) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000056087 (ecrg4a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000102178 (emilin2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000088514 (and1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000079302 (and2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | -- (ogn) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Pectoral fin | ENSDARG00000103515 (vcana) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000057575 (pnp4a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000042214 (tmem243a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000020143 (pah) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000071475 (aox5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000053269 (slc2a15b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000003732 (mitfa) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000045601 (cax1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000077082 (agtrap) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000004378 (yrk) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | -- (vsg1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000036616 (gpr182) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000075549 (cdh5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000103533 (clec14a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Optic vesicle | ENSDARG00000040306 (otomp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Optic vesicle | ENSDARG00000056247 (bricd5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Optic vesicle | ENSDARG00000001870 (atp1a1a.4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Neuron | ENSDARG00000055216 (tuba1c) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Pharyngeal arch | ENSDARG00000076010 (twist1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Pharyngeal arch | ENSDARG00000007407 (barx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Pharyngeal arch | ENSDARG00000011956 (dlx4a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000060115 (lrrn1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000032963 (her12) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000020609 (snap25a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000038574 (scg2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000059057 (atpv0e2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000056108 (ndufa4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Neuron | ENSDARG00000071011 (cdk5r2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Retina neuroblasts | ENSDARG00000068168 (hes2.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Retina neuroblasts | ENSDARG00000056292 (vsx1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Retina neuroblasts | ENSDARG00000010591 (foxn4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Chondrocytes | -- (lect1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Chondrocytes | ENSDARG00000015947 (matn4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Chondrocytes | ENSDARG00000037845 (col9a3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Chondrocytes | ENSDARG00000073699 (col9a1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Progenitors | ENSDARG00000060115 (lrrn1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000044001 (lgals3b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000088717 (ecrg4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000044356 (tp63) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000040045 (cldn1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Epidermal cells | ENSDARG00000005108 (oclna) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000010478 (hsp90aa1.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000030110 (myod1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000028213 (ttn.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000009438 (myog) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000076126 (actc1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000036371 (acta1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000102206 (stc2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000036869 (tcf21) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000007277 (myf5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Neuron | ENSDARG00000054878 (six2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Neuron | ENSDARG00000058699 (tmeff2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Pigment cell (neural crest derived) | -- (urah) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000044684 (rbp4l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000056028 (slc22a7a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000103789 (tmem130) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000075191 (oacyl) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | RPE | ENSDARG00000033760 (pmelb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | RPE | ENSDARG00000002593 (slc45a2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | RPE | ENSDARG00000029204 (tyrp1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | RPE | ENSDARG00000061303 (oca2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Erythroid cells | ENSDARG00000045143 (hbbe2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Erythroid cells | ENSDARG00000011166 (cahz) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Erythroid cells | ENSDARG00000038643 (alas2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Erythroid cells | ENSDARG00000034852 (nt5c2l1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Erythroid cells | -- (hbz) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000090783 (mfap4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000054942 (lgals2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000093608 (ccl34b.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000104077 (fcer1gl) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000056874 (lygl1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000040178 (havcr1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000090873 (ccl34a.4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000055290 (mpeg1.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000013598 (tnfb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Neutrophils | ENSDARG00000040528 (lgals3bpb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Lens | ENSDARG00000041952 (prox2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Lens | ENSDARG00000041141 (cryba1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Lens | ENSDARG00000054150 (cx23) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 2 | Pharyngeal arch | ENSDARG00000105223 (pmp22a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Pharyngeal arch | ENSDARG00000059367 (mfap2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000033234 (stmn2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000021143 (rtn1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000020609 (snap25a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000038574 (scg2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000071658 (ywhag2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000051875 (islr2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000044356 (tp63) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000054616 (cldni) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000003808 (aqp3a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000044001 (lgals3b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000012972 (cfl1l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Epidermal cells | ENSDARG00000076321 (col28a2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Chondrocytes | ENSDARG00000038056 (fgfbp2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Chondrocytes | ENSDARG00000037845 (col9a3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Retina neuroblasts | ENSDARG00000068168 (hes2.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000010680 (gngt2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000069615 (ckmt2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000027495 (elovl4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000043483 (otx5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000019902 (rcvrn2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000045904 (nr2e3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Retina | ENSDARG00000102430 (opn6a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000030110 (myod1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000028213 (ttn.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000009438 (myog) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000036371 (acta1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000058656 (desma) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Muscle cells | ENSDARG00000058996 (jam2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Pigment cells | ENSDARG00000056028 (slc22a7a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Erythroid cells | ENSDARG00000012881 (slc4a1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Erythroid cells | ENSDARG00000011166 (cahz) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Erythroid cells | ENSDARG00000038147 (hbbe3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Erythroid cells | ENSDARG00000045143 (hbbe2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Rostral blood island (myeloid) | -- (vsg1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Eye | -- (lye) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Eye | ENSDARG00000043128 (cldne) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Eye | ENSDARG00000028098 (fut9d) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Eye | ENSDARG00000100095 (anxa1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Neuron | ENSDARG00000006497 (rtn1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Neuron | ENSDARG00000004621 (gpm6ab) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Pectoral fin | ENSDARG00000105223 (pmp22a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Neuron | ENSDARG00000010791 (dla) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Epidermal cells | ENSDARG00000056938 (kera) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Epidermal cells | ENSDARG00000088717 (ecrg4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Epidermal cells | ENSDARG00000104992 (epgn) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Epidermal cells | ENSDARG00000044356 (tp63) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Chondrocytes | -- (lect1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000056028 (slc22a7a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000103789 (tmem130) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000025912 (bscl2l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000071475 (aox5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000099101 (gch2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Pigment cell (neural crest derived) | ENSDARG00000045601 (cax1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000056934 (hepacama) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000019856 (atp1a1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000102453 (slc1a2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Periderm cells | ENSDARG00000028098 (fut9d) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Periderm cells | ENSDARG00000060682 (agr1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Periderm cells | ENSDARG00000041051 (mid1ip1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neutrophils | -- (cd53) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neutrophils | ENSDARG00000026350 (wasb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Neutrophils | ENSDARG00000017653 (rgs13) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000009637 (rcvrn3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000075295 (tulp1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000007788 (atp2b1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | -- (tmx3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000052575 (arl13a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Erythroid cells | ENSDARG00000115405 (hbbe1.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Erythroid cells | ENSDARG00000045143 (hbbe2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Erythroid cells | ENSDARG00000011166 (cahz) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Erythroid cells | ENSDARG00000113599 (hbbe1.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Cranial ganglion (vagal) | -- (tusc5b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Cranial ganglion (vagal) | ENSDARG00000028306 (prph) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Otic vesicle | ENSDARG00000040306 (otomp) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Otic vesicle | ENSDARG00000001870 (atp1a1a.4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Otic vesicle | ENSDARG00000056247 (bricd5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000056125 (myct1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000087457 (ecscr) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000053868 (etv2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000102100 (mrc1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000103533 (clec14a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Muscle cells | ENSDARG00000036371 (acta1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Muscle cells | ENSDARG00000058656 (desma) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Muscle cells | ENSDARG00000009021 (chrna1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Muscle cells | ENSDARG00000009438 (myog) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Otic vesicle | ENSDARG00000033104 (tmc2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Otic vesicle | ENSDARG00000020581 (otofb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Otic vesicle | ENSDARG00000075800 (calml4a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Otic vesicle | ENSDARG00000053074 (gipc3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Otic vesicle | ENSDARG00000009727 (twf2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Pigment cells | ENSDARG00000060345 (apoda.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Pigment cells | ENSDARG00000091792 (akap12a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Pigment cells | ENSDARG00000062003 (myo5b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Pigment cells | ENSDARG00000088390 (nme4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 19 | Lens | ENSDARG00000068974 (lim2.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Neuron | ENSDARG00000006497 (rtn1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Neuron | ENSDARG00000045639 (elavl4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000004169 (stmn1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000011094 (ccna2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Chondrocytes | ENSDARG00000105223 (pmp22a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Chondrocytes | ENSDARG00000019949 (serpinh1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Chondrocytes | ENSDARG00000059367 (mfap2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Chondrocytes | ENSDARG00000017676 (mmp2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Retina | ENSDARG00000032705 (foxg1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Dorsal habenula | ENSDARG00000042970 (gng8) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Dorsal habenula | ENSDARG00000104254 (cpne4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Glia | ENSDARG00000019856 (atp1a1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Glia | ENSDARG00000053262 (atp1b4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Cranial ganglion | ENSDARG00000078417 (plxdc1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Cranial ganglion | ENSDARG00000004930 (lmo7a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Retina | ENSDARG00000027495 (elovl4b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Retina | ENSDARG00000070107 (six7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Retina | ENSDARG00000075295 (tulp1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Retina | ENSDARG00000052575 (arl13a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Retina | ENSDARG00000102430 (opn6a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Erythroid cells | ENSDARG00000038643 (alas2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Erythroid cells | ENSDARG00000057206 (nmt1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Erythroid cells | -- (hbae1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Glia | ENSDARG00000061697 (ca14) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Glia | ENSDARG00000012504 (rlbp1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Eye | ENSDARG00000012972 (cfl1l) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Neuron | ENSDARG00000020609 (snap25a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Neuron | ENSDARG00000037997 (tubb5) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000038205 (her2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000032963 (her12) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000054562 (her15.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000054560 (her15.2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000054155 (pcna) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000056732 (her4.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Progenitors | ENSDARG00000062152 (chaf1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Epithelial cells | ENSDARG00000019949 (serpinh1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000002403 (nusap1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000114670 (ube2c) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000087554 (cdk1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000058471 (plk1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000004713 (mad2l1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000078654 (tpx2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000038066 (kpna2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000037640 (aurkb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000011094 (ccna2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Progenitors | ENSDARG00000024488 (top2a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000056934 (hepacama) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000053262 (atp1b4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000102453 (slc1a2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000057598 (s100b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Glia | ENSDARG00000041799 (cx43) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Cornea | ENSDARG00000058005 (hgd) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Cornea | ENSDARG00000059391 (gyg1b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | -- (hbz) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | ENSDARG00000038643 (alas2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | ENSDARG00000034852 (nt5c2l1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | ENSDARG00000012881 (slc4a1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | ENSDARG00000105154 (creg1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Erythroid cells | ENSDARG00000018146 (gpx1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000070107 (six7) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | ENSDARG00000102430 (opn6a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Retina | -- (tmx3) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Microglia | ENSDARG00000040528 (lgals3bpb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Microglia | ENSDARG00000104077 (fcer1gl) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Microglia | ENSDARG00000040178 (havcr1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Microglia | ENSDARG00000090783 (mfap4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Microglia | ENSDARG00000067797 (spi1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Glia | ENSDARG00000090980 (apof) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Glia | ENSDARG00000031506 (flvcr2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Glia | ENSDARG00000059053 (slc13a4) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Glia | ENSDARG00000067848 (nmrk2) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Eye | ENSDARG00000104359 (anxa1c) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Eye | ENSDARG00000101181 (s100w) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Eye | ENSDARG00000102750 (cdh1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Eye | ENSDARG00000095147 (krt96) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Eye | ENSDARG00000041051 (mid1ip1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| 2 | Neuron | ENSDARG00000104945 (sncb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Neuron | ENSDARG00000020609 (snap25a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Neuron | ENSDARG00000038574 (scg2b) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Neuron | ENSDARG00000013351 (cirbpb) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Progenitors | -- (rrm2.1) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Progenitors | ENSDARG00000004169 (stmn1a) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Progenitors | ENSDARG00000054155 (pcna) | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
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