RNA id: TCONS_00004566


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00004566
length 3393
RNA type mRNA
GC content 0.34
exon number 3
gene id XLOC_002431
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 42733210 ~ 42740662 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tgcaaggagcattttttgttttcgttAATACTAGACATTTTAATAAGTGCAGGTCAGAATAAGCATGTCATTTCATGTGAAAACACATATGTTACTCTAAATGACAACGGAACATCATTTAagtcatatttttacattatacaCATTCACCAATCtgcttttttacacattttgtatatataataacttcagtaaatgtaatttaatgctatttttatttattcatatgttcTTAGATgcttaaaatctaaattaataaaaataatcgcAATTATTAAATTTTAACCTATCATCACGCTCACTAAAATAGGTTAAATGCATAGGTTGAATGTTAGGTACTCCCAAATTTGTCGAATGTGACTTTAAGAAAACAAAGTTGATAAAAAAATGACGAAAATGCCGCCTTTAATCTGAAGcagaacaacaaaacaaaccaaaatggcGGCTTGCATGAGTGAAAACGGTGCAAATGGAAAACTGGAGTTCTTCTTAAAAGTCCCGTTCCCGACTGAAAGAGAGGCAAATATCGCTCTGCAGTCTTTATCTCCAGATCCCGAACCCAGGAAAGGAGGAATCAGCAAAAGTCTGTGTGTGTCTGGACAGACGCTGTCTGTGAGCTGGGCTGCAGATGAAGCTCGTATTCTCCGTGTTTCTGTCAGTTCATTCTTGGACCATTTGTCTCTGGTGATGGAAACCATGGATGCTTTTGGACCGCCTGTTTCACAGTGAAGCTCTAAGCAAGAAATGTGGATGCAGATGCTGTTTGCACTGAGAAACATCTGTTCAGTAtggactaaaataataataaatgtattaatgaatGTACTTTTGCTCTGTTTGAGAAATGAGGCATATTATAAAGTCTTAAATGATCACGCCATTAAAAGAAAAGCTAATTTTGCAGCTTGTCTAGacttaaacagttgagtttcaccattttttttacttttatttagccGATCTGTGGATCTGGTGGGAGcatttttagtttagcttagcataagtcatttaatcggattggaccattagcatctttctCAAAACTAGTCTAATTGTACAGTTCCCCTAGggctaaacagttgagttttgccatttttaaatgcattcagaTGATCTCCGggaacaattttagcttagcataaataattgaatcggattagaccattagcatctcgctcagctaagctaaaagtgttcctgccAGACTCAACGATCatctgaatgtttaaaaaaaaaaatgctaaaactcaactgttaaaCCCTATGAGAACTGTATAGATTATTTTTTAgtcagatgctaatggtctaatctgattcagtgatttatgctaagctaagctaaaagtgttcccaaAGTTTAgctgaatgtatttaaaaatgttaaaactcaactgtttagccCTAGGGGAACAGTTAAAGTAGACTATTttcgagtgagatgctaatggtctaatctgattcagtgatttatgctaagcgaAGCTAAAATTGTTCCCAGACATTGgctgaatgtatttaaaaatgctaaaactcaactgtATAACCCTAGGGGAACTCTATAATTAGACTATTTTTGAGTGAGACACTAATGTTCTAATCCgagtcaatgatttatgctaagctaaaagtgccctGAAGATTGgctgaatgtatttaaaaatggtaaaaaacaACAGTTTAACAACTGTTAATCAACTGTTTAACCTAAGTGGAACTGAAAGATTAAACAATTTTTTGAAcgagatgctaatgatctaatccgggtcaatgatttatgctaagctaaaagtgtcccTGCCAGACCCAaagattgttttaaaaaaatgccaaaacaaTTGGTCAACCCTATGGGAAATGTACTATTAGACTATTTtcgagcgagatgctaatggtctaatctgatttaacgATTTattctaagctaagctaagtGTCCCTGCCAGACCCAATGATTGTCTGAATGTTGTCAAAAAATACTAAAACTCAACTGCTCAACCCAATGGGAACTGTATAATTAGACTATTttcgagtgagatgctaatggtctaacccGAGTCAATGATCTGTGCTTAGCTAattattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgttcccaaAGATAAGCTGAATGTATTTAAaactggtaaaactcaactgtttagctCTAGGGGAACAGTTAGACTATTttcgagtgagatgctaatggtctaatccaattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgttcatAGAGATTAgctgaatgtatttaaaaatgctaaaactcaactgttaaaCCCTATGGGAACTGTGCAATGAGACTATttttgagtaagatgctaatggtctaatccgattcaatgatttatgctaagctaaactaaaagtgtcCCTGCAAGACCCAacgattgttaaaaaaaaaaaaaaaaagctaaaacaacTGTTCAACCCTAGGGGAACTGTATAATTATGCTATTTTCgggtgagatgctaatggtctaatctgattcaatgatttattctaagctaagctaagtGTCCCTGCCAGACCCAACGATTGTCTGAATGTtgtcaaaaaatacaaaaattcaaCTGCTCAACCCTACGGGAACTGAATAATTAGACTATTttcgagtgagatgctaatggtctaatccgattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgttcccaaAGATTAgctgaatgtattttaaaatggtaaaactcaactgtttagaCCTAGGAGAACTGTAAAAGTAGACTACTttagagtgagatgctaatggtctaatctgattcaatgatttatgctaagctaaaagcgtTCGTGGAGATTAGctcaatgtatttaaaaatgctaaaactcaactgttaaaCCCTATGGGAACTGTATAGTCAGACTTTTTTTGAGCGagacgctaatggtctaatccgaatcaatgatttatgctaagctaaaagtgtcccTGCCAGACccacaattgttttttaaaaaatgcaaaaataactgTTCAACCCTATAGGGGAACTGTATAATTAGACTATTTTCGAGtcggatgctaatggtctaatccgattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgttcccgccAGACCCAAAGATCAActgaatgtgttaaaaaatggtaaaaatcagCAGTTTAATCCCAGAGGGACAGTAAAATCAGACTATTTtttagtgagatgctaatggtctaatccgattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgtttccgCCAGACCCGAAAAtcatctgaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000189832

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005942 lncRNA upstream 1216 42729946 ~ 42731994 (+) True XLOC_002430
TCONS_00005941 lncRNA upstream 9989 42720841 ~ 42723221 (+) True XLOC_002429
TCONS_00005939 lncRNA upstream 255951 42470616 ~ 42477259 (+) False XLOC_002424
TCONS_00005940 lncRNA upstream 255951 42474219 ~ 42477259 (+) True XLOC_002424
TCONS_00004552 lncRNA upstream 369889 42362505 ~ 42363321 (+) True XLOC_002421
TCONS_00005734 lncRNA downstream 423 42741085 ~ 42745580 (+) True XLOC_002432
TCONS_00005943 lncRNA downstream 79064 42819726 ~ 42820906 (+) True XLOC_002433
TCONS_00004580 lncRNA downstream 693567 43434229 ~ 43442056 (+) True XLOC_002438
TCONS_00005944 lncRNA downstream 777932 43518594 ~ 43525213 (+) False XLOC_002439
TCONS_00005945 lncRNA downstream 782908 43523570 ~ 43525213 (+) True XLOC_002439
TCONS_00004563 mRNA upstream 16471 42678520 ~ 42716739 (+) False XLOC_002428
TCONS_00004564 mRNA upstream 16471 42690374 ~ 42716739 (+) False XLOC_002428
TCONS_00004565 mRNA upstream 41386 42691210 ~ 42691824 (+) True XLOC_002428
TCONS_00004561 mRNA upstream 71765 42589391 ~ 42661445 (+) False XLOC_002427
TCONS_00004560 mRNA upstream 71765 42589391 ~ 42661445 (+) False XLOC_002427
TCONS_00004567 mRNA downstream 157441 42898103 ~ 42903716 (+) True XLOC_002434
TCONS_00004568 mRNA downstream 296402 43037064 ~ 43073523 (+) False XLOC_002435
TCONS_00004570 mRNA downstream 299285 43039947 ~ 43076207 (+) True XLOC_002435
TCONS_00004571 mRNA downstream 347608 43088270 ~ 43184354 (+) False XLOC_002436
TCONS_00004572 mRNA downstream 376999 43117661 ~ 43183970 (+) False XLOC_002436
TCONS_00004540 other upstream 893177 41839919 ~ 41840033 (+) True XLOC_002414
TCONS_00004521 other upstream 1984312 40747873 ~ 40748898 (+) True XLOC_002398
TCONS_00004501 other upstream 2093406 40638776 ~ 40639804 (+) True XLOC_002380
TCONS_00004496 other upstream 2123257 40609461 ~ 40609953 (+) True XLOC_002376
TCONS_00004495 other upstream 2124493 40607701 ~ 40608717 (+) True XLOC_002375
TCONS_00004569 other downstream 296471 43037133 ~ 43073256 (+) False XLOC_002435
TCONS_00004603 other downstream 1959155 44699817 ~ 44713817 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004611 other downstream 2167106 44907768 ~ 44907883 (+) True XLOC_002456
TCONS_00004628 other downstream 2435758 45176420 ~ 45176924 (+) True XLOC_002466
TCONS_00004629 other downstream 2497294 45237956 ~ 45238042 (+) True XLOC_002467

Expression Profile

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